Asal usul nama Desa Munungkerep diambil dari kata "Munung" dan "Kerep". Munung pada zaman dahulu adalah nama sebuah pohon, yaitu pohon Sriwikutil, sedangkan "Kerep" adalah bahasa Jawa yang dalam bahasa Indonesia berarti rapat atau banyak. Sehingga Munungkerep adalah suatu desa yang dahulu banyak berjajar-jajar pohon Sriwikutil.

Pada tahun 1721, ada seorang bernama Ki Suroyudo yang bersama istrinya hijrah ke hutan utara yang biasa disebut Hutan Guwo. Ki Suroyudo membuat sebuah pondok di Sendang Guwo tersebut, hingga akhirnya dikaruniai dua orang anak — satu laki-laki dan satu perempuan. Yang laki-laki diberi nama Singokerto, dan yang perempuan diberi nama Tumirah.

Ki Suroyudo memiliki seorang sahabat di Sendang Jambian bernama Kartojoyo. Pada masa itu, perjodohan dalam keluarga masih erat kaitannya dengan tradisi, sehingga anak Kartojoyo yang bernama Sumojoyo dijodohkan dengan Tumirah, sementara Singokerto dijodohkan dengan Dewi Asih. Dari pernikahan Singokerto dan Dewi Asih, lahirlah seorang anak bernama Wongsojoyo.

Warga akhirnya berkumpul di Alas Munung atas permintaan pemerintah Belanda, yang memerintahkan pegawai alas (mantri) untuk membuka sebuah desa di kawasan itu. Sebanyak 14 warga yang dipimpin oleh Ki Godek dan Bapak Mundu pun setuju untuk mulai membersihkan Alas Munung.

Selama masa pembersihan hutan, terjadi serangan ular. Karena Ki Godek juga dikenal sebagai orang sakti, ia mampu mengatasi gangguan tersebut. Namun, akibat serangan itu, Ki Suroyudo sempat menghentikan proses pembersihan Alas Munung. Ia kemudian bertapa bersama ketiga anaknya selama tujuh hari di Sendang Sumberan, di sebelah timur Dusun Munungkerep. Di sanalah mereka bertemu dengan Mbah Jenggot Surowijoyo, penguasa Sendang Sumberan.

Dari pertemuan tersebut, Mbah Jenggot Surowijoyo mengizinkan Ki Suroyudo bersama warga untuk melanjutkan pembersihan Alas Munung, dengan satu permintaan: setiap hari Jumat Pahing bulan Selo, warga harus membawa tumpengan ke Sendang Sumberan — berupa tumpeng, panggang ayam, jenang abang, jenang menir, dan jenang sengkolo — sebagai penanda telah berdirinya Desa Munungkerep.